Funksionet operacionale kryhen nga Shtylla e Misionit për Mbështetje Operative e cila ka kapacitet të mbetur të kufizuar si reagues i dytë i sigurisë dhe i ofron mbështetje zhvillimit operacional të Policisë së Kosovës për kontrollimin e turmave dhe trazirave. Më saktësisht, Njësia Policore e Specializuar e EULEX-it (NjPS), e cila përbëhet prej 105 zyrtarëve policorë polakë, vepron si reaguesi i dytë i Kosovës në fushën e sigurisë, duke qenë pjesë e një mekanizmi treshtresor të reaguesve të sigurisë, ku Policia e Kosovës është reaguesi i parë i sigurisë, EULEX-i është reaguesi i dytë, dhe Misioni KFOR i udhëhequr nga NATO është reaguesi i tretë. Në rolin e saj si reaguese e dytë e sigurisë, NJPS e EULEX-it mund të angazhohet vetëm me kërkesë specifike të reaguesit të parë të sigurisë me qëllim të që kontribuojë në ruajtjen dhe avancimin e rendit dhe sigurisë publike në raste të trazirave qytetare, për të mbrojtur të drejtën për siguri, jetë, dhe pronë. Për të qenë të informuar mbi situatën, NJPS kryen patrullime mobile të vëzhgimit me orar 24/7 i cili mbahet me ndërrime. NJPS merr pjesë rregullisht në ushtrime për kontrollimin e turmave dhe trazirave së bashku me Policinë e Kosovës dhe KFOR-in. Qëllimi i këtyre ushtrimeve është sigurimi i bashkërendimit të rrjedhshëm në mes të tre reaguesve të sigurisë në rast të ndonjë angazhimi real.
EULEX-i e mbështetë Policinë e Kosovës edhe në fushën e bashkëpunimit policor ndërkombëtar përmes lehtësimit të shkëmbimit të informatave policore mes Policisë së Kosovës dhe Interpolit, Europol-it apo Ministrisë së Brendshme të Serbisë. Nga qershor 2018 deri më 14 qershor 2025, EULEX-i ka pranuar dhe ka dërguar 1871 kërkesa në lidhje me shkëmbimin e informatave mes Europol-it dhe Policisë së Kosovës dhe 3653 kërkesa në lidhje me shkëmbimin e informatave mes Policisë së Kosovës dhe Ministrisë së Brendshme të Serbisë në përputhje me protokollin për bashkëpunim policor mes dy entiteteve. Misioni po ashtu lehtëson shkëmbimin e informatave mes Byrove Kombëtare Qendrore të Interpol-it dhe Njësisë së Policisë së Kosovës për Bashkërendim Ndërkombëtar në fushën e Zbatimit të Ligjit nën ombrellën e Zyrës Ndërlidhëse të Interpol-it brenda UNMIK-ut. Nga qershor 2018 deri 14 qershor 2025, pjesëtarët e Misionit EULEX të cilët punojnë në Zyrën Ndërlidhëse të Interpol-it në kuadër të UNMIK-ut kanë pranuar dhe dërguar 14,645 kërkesa.
Në mënyrë që familjarët e personave të zhdukur të realizojnë të drejtën e tyre për të ditur të vërtetën, ekspertët forenzik të EULEX-it vazhdojnë të punojnë së bashku me homologët e tyre vendas në Institutin e Mjekësisë Ligjore dhe institucione të tjera përkatëse për zbardhjen e fatit të personave të zhdukur në lidhje me konfliktin në Kosovë, pavarësisht rrethanave të zhdukjes së tyre, përkatësisë së tyre etnike, fetare apo kombëtare, apo çfarëdo karakteristike tjetër.
EULEX-i ofron ekspertizë dhe këshilla për identifikimin e varreve klandestine apo të pashënuara dhe për zhvarrosjen dhe identifikimin e viktimave që janë raportuar të zhdukura gjatë periudhës 1 janar 1998 - 31 dhjetor 2000, si pasojë e luftës në Kosovë gjatë viteve 1998-1999.
Që nga fillimi i mandatit të EULEX-it e deri më 14 qershor 2025, EULEX-i ka kryer 873 operacione në teren për gjetjen e personave të zhdukur, përfshirë 219 zhvarrosje. Mbetjet mortore të 543 individëve janë identifikuar, përfshirë 370 persona të zhdukur.
Gjithashtu, ekspertët e EULEX-it e mbështetin IML-në për rishikimin e mbetjeve mortore të paidentifikuara në morgun e Prishtinës.
Misioni po ashtu i ndihmon Dhomave të Specializuara dhe Zyrës së Prokurorit të Specializuar të Kosovës me mbështetje logjistike dhe operacionale në pajtueshmëri me legjislacionin përkatës të Kosovës.
Përveç kësaj, Misioni vazhdon të menaxhojë programin e tij për mbrojtjen e dëshmitarëve.
